A skóciai Lochleven kastélyban való börtönje során a skót királynő kénytelen volt egyéves fiának, később skócia VI. Koronának koronázni, lemondni.

1542-ben, miközben mindössze hat napos volt, apja, V. King király halálakor a skót trónra emelkedett. Édesanyja elküldte, hogy neveljék fel a francia udvarban, és 1558-ban feleségül vette a francia dauphint, aki király lett. II. Ferenc Franciaországban, 1559-ben, de a következő évben meghalt. Francis halála után Mary visszatért Skóciába, hogy vállalja az ország uralkodójaként kijelölt szerepét.

1565-ben feleségül vette angol unokatestvérét, Lord Darnley-t, hogy megerősítse az angol trónra való utódlási igényét Elizabeth halála után. 1567-ben Darnley titokzatosan meghalt egy Kirk o Field-i robbanás során, és Mary szeretője, Bothwell grófja volt a legfontosabb gyanúsított. Annak ellenére, hogy Bothwell felmentették a vád miatt, ugyanabban az évben Maryvel kötött házassága felvidította a nemességet, és Bothwell és Mary börtönbe kerültek. Maryt a kicsi Loch Leven szigeten tartották, ahol James, Darnley kénytelen volt lemondni fiának.

1568-ban elmenekült a fogságból és jelentős hadsereget emelt, de vereséget szenvedett és Angliába menekült. Erzsébet királynő kezdetben üdvözölte Máriát, de hamarosan háborúba kényszerítette barátját, miután Mary különböző angol katolikus és spanyol cselekmények középpontjába került, hogy megbuktassák Elizabettet. Tizenkilenc évvel később, 1586-ban, beszámoltak Erzsébet meggyilkolásának súlyos tervéről, és Maryt bíróság elé állították. Bűnrészesség miatt elítélték és halálra ítélték.

1587. február 8-án a skót Mária királynőjét lefejezték árulás miatt. Fia, VI. Skócia király, nyugodtan elfogadta anyja kivégzését, és Erzsébet királynő 1603-as halálakor Anglia, Skócia és Írország királyává vált.