Miután az út háromnegyedét a világ minden tájáról megtették, Ferdinand Magellan portugál navigátort megölték egy törzsi csapás során a Fülöp-szigeteken, Mactan-szigeten. A hónap elején hajói lehorgonyoztak a Fülöp-szigeteki Cebu-szigeten, és Magellan találkozott a helyi fõnökkel, aki a kereszténységre való áttérés után rábeszélte az európaiakat, hogy segítsenek neki egy rivális törzs meghódításában a szomszédos Mactan szigeten. A későbbi harcokban Magellant megmérgezett nyíl sújtotta, és visszahúzódó társainak hagyta meghalni.
Magellan, egy portugál nemes harcolt országáért az Indiai-óceán és Marokkó muzulmán uralma ellen. Számos kulcsfontosságú csatában vett részt és 1514-ben kérte Portugália Manuel királyát nyugdíjának növelésére. A király visszautasította, miután megalapozatlan pletykákat hallott Magellan részéről a Marokkóban ostromolt helytelen magatartásról. 1516-ban Magellan ismét megtette a kérelmet, és a király ismét elutasította, így Magellan 1517-ben Spanyolországba ment, hogy felajánlja szolgáltatásait I. Károly királynak, késõbb V. Károly Szent Római császárnak.
1494-ben Portugália és Spanyolország VI. Sándor pápa ösztönzésével rendezte az Amerikában és másutt az újonnan felfedezett földekkel kapcsolatos vitákat úgy, hogy a világot két befolyási területre osztotta. Megállapodtak a határvonalak meghatározásáról az Atlanti-óceánban a vonaltól nyugatra eső minden új felfedezésben spanyolul, és mind a keleti portugál területeken. Így Dél- és Közép-Amerikában a spanyolok uralkodtak, kivéve Brazíliát, amelyet Pedro Alvares Cabral portugál felfedező 1500-ban fedezett fel, és kissé keletre fekszik a határvonalatól. Más portugál felfedezések a 16. század elején, például a Moluccas-szigetek, az Indonézia Spice-szigetei, féltékenyvé tették a spanyolokat.
Károly királynak Magellan javasolta a nyugati vitorlázást, egy szoros megtalálását az Amerikán át, majd nyugatra tovább a Moluccáig, ami bizonyítani fogja, hogy a Spice-szigetek a határvonalatól nyugatra, tehát a spanyol szférában fekszenek. Magellan tudta, hogy a világ kerek, de alábecsülte annak méretét, és azt gondolta, hogy a Molukkáknak csak az amerikai kontinenstől nyugatra kell elhelyezkedniük, nem pedig egy nagy, ismeretlen óceán másik oldalán. A király elfogadta a tervet, és 1519. szeptember 20-án Magellan vitorlázott Spanyolországból öt hajó és 270 ember parancsnokaként.
Magellan Nyugat-Afrikába, majd Brazíliába vitorlázott, ahol a dél-amerikai partvidéket kereste egy szoroson, amely elviszi a Csendes-óceánba. A Rio de la Platán, egy Brazíliától délre eső nagy torkolaton átjutott; kudarcot vallva folytatta délre Patagónia partja mentén. 1520 március végén az expedíció téli negyedét állította fel Port St. Julian-ban. Húsvéti napon éjfélkor a spanyol kapitányok portugál kapitányuk ellen zaklattak, de Magellan elrontotta a lázadást, kivégezve az egyik kapitányt, és egy másik partra hagyta a partot, amikor a hajója augusztusban elhagyta Szent Júliusot.
Október 21-én végül felfedezte a szorosát, amelyet keresett. A Magellan-szoros, amint ismertté vált, Dél-Amerika csúcsa közelében helyezkedik el, elválasztva a Tierra del Fuegot és a kontinentális kontinenst. Csak három hajó lépett be a folyosóra; az egyik megsemmisült, a másik pedig kihalt. 38 nap telt el az áruló szorosban való navigáláshoz, és amikor az óceán megpillantotta a másik végét, Magellan örömmel sírt. Ő volt az első európai felfedező, aki az Atlanti-óceántól elérte a Csendes-óceánt. Flotta 99 nap alatt teljesítette az óceán nyugati átlépését, oly furcsán nyugodt vizeken, hogy az óceánt latin szóból „Csendes-óceánnak” nevezték el. pacifi, ami azt jelenti: „nyugodt”. Végül a férfiak nem fogyasztottak táplálékot, és megrágták a felszerelésük bőrét, hogy életben maradjanak. 1521. március 6-án az expedíció partra szállt Guam szigetén. Tíz nappal később elérték a Fülöp-szigeteket, ők csak kb. 400 mérföldre voltak a Spice-szigetektől.
Magellan halála után a túlélők két hajóban felszálltak a Moluccákra, és fűszeresen betöltötték a hajótestet. Egy hajó sikertelenül próbált visszatérni a Csendes-óceánon. A másik hajó, a Victoria, folytatta nyugatra, a baszk navigátor, Juan Sebastian de Elcano parancsnoka alatt. A hajó áthaladt az Indiai-óceánon, körbekerült a Jó reménység fokán és 1522. szeptember 9-én érkezett Sevilla-ba, és ez lett az első hajó, amely megkerüli a világot.
