Jefferson Davis-t, a bukott konföderációs kormány elnökét feleségével és kíséretével foglyul ejtették, a grúziai Irwinville közelében, az unió tábornokának James H. Wilson lovasságából.

1865. április 2-án, a közelmúltban, a közelmúltban Virginiában lezajló konfederációs vereséggel, Robert E. Lee tábornok közölte Davis elnökkel, hogy már nem tudja megvédeni Richmondot, és azt javasolta a Konföderáció kormányának, hogy evakuálja fővárosát. Davis és kabinetje elmenekült a virginiai Danville-be, és Robert E. Lee átadásával április 9-én, mélyen a délre. Lee átadta az észak-virginiai hatalmas hadseregét és ténylegesen véget ért a polgárháborúnak, és a következő hetekben a fennmaradó konföderációs seregek egyenként feladták őket. Davis-t elpusztította a Konföderáció bukása. A vereség elismerését remélte, hogy egy olyan együttérző idegen nemzethez menekül, mint például Nagy-Britannia vagy Franciaország, és mérlegelte a száműzetésben lévő kormány megalakításának érdemeit, amikor a 4. Michigan-i lovasság egysége letartóztatta.

Egy bizonyos vita körüli elfogását, mivel Davis feleségének fekete kendőjét viseli, amikor az uniós csapatok sarokba szorították. Az északi sajtó gyávának nevetett rá, azt állítva, hogy nőnek álcázta magát egy rosszindulatú menekülési kísérlet során. Davis és különösen felesége, Varina azonban azt állította, hogy beteg és Varina kölcsönvette neki kendõjét, hogy egészsége tartsa nehéz útja során.

Két évig börtönbõl a virginiai Fort Monroe-ban Davis-t árulásnak vádolták, de soha nem próbálták meg. A szövetségi kormány attól tartott, hogy Davis bizonyítani tudja a zsûrnek, hogy az 1860–1861 közötti déli szétválás törvényes. Varina határozottan dolgozott a szabadságának biztosítása érdekében, és 1867 májusában Jefferson Daviset óvadékként engedték szabadon, több gazdag északi ember segített neki fizetni a szabadságáért.

Számos sikertelen üzleti vállalkozás után visszavonult Beauvoir-ba, a Mississippi-i Biloxi közelében fekvő otthonába, és elkezdte kétkötetes memoárjának írását. A konföderációs kormány felemelkedése és bukása (1881). 1889-ben halt meg, és New Orleans-ban temették el; négy évvel később a testét állandó pihenőhelyére költözött, a virginiai Richmondban.