Thomas „Stonewall” Jackson szövetségese elfogja a Harpers Ferry-t (Virginia) (a mai Nyugat-Virginia) és mintegy 12 000 uniós katonát, miközben Robert E. Lee tábornok hadserege északra indul Marylandbe.

A Harpers Ferryben lévő szövetségi helyőrség sebezhető volt a konföderációs támadások után, miután Lee szeptemberi inváziója Marylandbe ment. A Potomac folyón fekvő stratégiai várost levágták az uniós hadsereg többi részétől. George B. McClellan tábornok, a Potomac hadsereg parancsnoka elküldte Dixon Miles Union tábornoknak, a Harpers Ferry helyőrség parancsnokának, hogy mindenáron tartsa a várost. McClellan megígérte, hogy segít, ám a Konföderáció többi hadseregével kell foglalkoznia.

Jackson a tüzérségét a helyére gördítette és szeptember 14-én elkezdte a város megbontását. A Yankeesnek hiányzott a lőszere, és Miles kevés ellenállást kínált, mielőtt szeptember 15-én reggel beleegyezett volna, hogy átadja magát. Miles segélye, Julius White tábornok pedig azért indult, hogy Jackson, hogy tárgyalja az átadási feltételeket, az egyik Konföderációs ágyú tovább lőtt. Mileset halálos sebesülés érte a Harpers Ferryre lőtt utolsó lövés.

A Yankees 73 tüzérséget, 13 000 puskát és mintegy 12 000 embert adtak át a Harpers Ferrynél. Ez volt a háború legnagyobb egyetlen uniós átadása.

A Harpers Ferry bukása meggyőzte Lee-t, hogy változtassa meg terveit. Súlyos veszteségeket szenvedett szeptember 14-én Marylandben a South Mountain csata részén, a Harpers Ferrytől északkeletre, Lee szándéka szerint összegyűjtötte csapatait és visszatér Virginiába. Most, a Harpers Ferry biztonságával felhívta Jacksonot, hogy csatlakozzon a haderő többi részéhez, Sharpsburg környékére, Maryland. Két nappal később, szeptember 17-én Lee és McClellan harcoltak az Antietam csata ellen.