A mexikói háború kitörése előtt az amerikai kaliforniai telepesek lázadtak a mexikói kormány ellen, és kihirdetik a rövid életű Kaliforniai Köztársaságot.
A kaliforniai politikai helyzet 1846-ban feszült volt. Habár nominálisan Mexikó irányította, Kalifornia csak viszonylag kis számú mexikói telepedet ad otthont. Az Egyesült Államok volt polgárai alkották a kaliforniai lakosság legnagyobb részét, és számuk gyorsan növekedett. A mexikói vezetők attól tartottak, hogy sok amerikai telepedet nem igazán érdekli, hogy mexikói alanyokká váljanak, és hamarosan Kalifornia Egyesült Államok annektálását szorgalmazzák. Az amerikaiak a maga részéről nem bíztak mexikói vezetõikben. Amikor az Egyesült Államok és Mexikó közötti közelgő háború pletykái eljuttak Kaliforniába, sok amerikai attól tartott, hogy a mexikók megelőző támadást kezdeményezhetnek a lázadás megakadályozására.
1846 tavaszán az amerikai hadsereg tisztje és felfedező John C. Fremont egy kis katonákkal érkezett Sutter erődjébe (a mai Sacramento közelében). Nem világos, hogy Fremontot kifejezetten az amerikai lázadás ösztönzésére bírták-e. Láthatóan Fremont és emberei szigorúan a tudományos felmérés céljából tartózkodtak a környéken. A rohadt fiatal tiszt azonban elkezdett rávenni az amerikai telepesek és kalandorok keverékét, hogy milíciumokat alakítsanak ki és felkészüljenek a Mexikó elleni lázadásra.
Fremont ösztönzése által ösztönözve, 1846-os napon ezen a napon 18 amerikaiakból álló párt Ezekiel Merritt és William Ide vezetésével támadta meg Sonoma nagyrészt védtelen mexikói előőrsét San Francisco-tól északra. Fremont és katonái nem vettek részt, bár hallgatólagosan jóváhagyták a támadást. Merritt és emberei körülvették a nyugdíjas mexikói tábornok, Mariano Vallejo otthonát, és közölték vele, hogy háború foglya. Vallejo, aki valójában az amerikai anekszió erős támogatója volt, sokkal zavartabb volt, mint a lázadók miatt. Meghívta Merritt és néhány másik embert otthonába, hogy megvitassák a pálinka helyzetét. Néhány óra múlva Ide bement, és elrontotta, ami kellemes beszélgetésbe vált, letartóztatva Vallejo-t és családját.
Miután vértelen győzelmet nyert a Sonoma-nál, a Merritt és Ide ezután Kaliforniát független köztársasággá nyilvánította. Gyapotlaptal és néhány vörös festékkel megváltoztatott zászlót készítettek egy grizzly medve, egy magányos vörös csillag (hivatkozás a korábbi Texas Lone Star Köztársaságra) nyers rajzával és az alján a „Kaliforniai Köztársaság” szavakkal. . Azóta a függetlenségi mozgalom Medve zászló lázadás néven volt ismert.
Miután a lázadók néhány kisebb összecsapást nyertek a mexikói erőkkel, Fremont hivatalosan átvette a „Medve zászlók” parancsnokságát és július 1-jén elfoglalták az őrizetlen San Francisco-i elnököt. Hat nappal később Fremont megtudta, hogy az amerikai erők John D. Sloat kommodoor alatt álltak. harc nélkül elvette Monterey-t, és hivatalosan megemelte az amerikai zászlót Kalifornia felett. Mivel a Bear Flaggers végső célja az volt, hogy Kaliforniát az Egyesült Államok részévé tegye, most már nem láttak okot a „kormányuk” megőrzésére. Három héttel a kihirdetése után a Kaliforniai Köztársaság csendesen elhalványult. Ironikus módon, maga a Medve zászló sokkal tartósabbnak bizonyult, mint az általa képviselt köztársaság: hivatalos állami zászlóvá vált, amikor Kalifornia csatlakozott az unióhoz 1850-ben.
